การทดลองพลาสมาของ HV หรือ COVID-19 plasma

เพื่อตรวจสอบกลไกของ บาคาร่าออนไลน์ การอักเสบมากเกินไป การวิเคราะห์ทรานสคริปโตมิกส์ได้ดำเนินการจากส่วนของปอดและม้าม ไลบรารี RNA-seq ถูกเตรียมด้วย NebNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit สำหรับ Illumina การกระจายขนาดไลบรารีและการควบคุมคุณภาพดำเนินการโดยใช้ชิป Agilent bioanalyzer DNA1000 และการหาปริมาณทำได้โดยใช้วิธี qubit HS spectrophotometric มีการสร้างการอ่านปลายด้านเดียวระหว่าง 13 ถึง 63 ล้าน 100 bp ต่อตัวอย่าง โดยใช้ซีเควนเซอร์ Illumina NovaSeq 6000 

วิเคราะห์ชีวสารสนเทศโดยใช้ Galaxy Suite [ 8]. คุณภาพของการเรียงลำดับการอ่านได้รับการประเมินโดยใช้อัลกอริธึม FastQC (Galaxy เวอร์ชัน 0.72 + galaxy1) ในการประเมินความสมบูรณ์ของ RNA ที่ระดับการถอดเสียง ได้มีการคำนวณหมายเลขความสมบูรณ์ของการถอดรหัส (Galaxy เวอร์ชัน 2.6.4.1) จากแพ็คเกจ RseQC [ 9 ] การคำนวณการกระจายของลำดับการอ่านผ่านคุณลักษณะจีโนมได้ดำเนินการโดยใช้ตัวเลือกการกระจายการอ่าน (Galaxy เวอร์ชัน 2.6.4.1) จากแพ็คเกจ RseQC ไฟล์ FASTQ ถูกจัดตำแหน่งให้สอดคล้องกับจีโนมของเมาส์รุ่น mm9 โดยใช้ HISAT2 (Galaxy เวอร์ชัน 2.1.0 + galaxy7) [ 10 ] โดยใช้พารามิเตอร์ Reverse Strand การอ่านลำดับที่ตกลงไปในยีนถูกนับด้วยอัลกอริธึมการนับ HTSeq (Galaxy เวอร์ชัน 0.9.1) [ 11] โดยใช้โหมด Union และตัวเลือก Reverse Stranded ยีนที่แสดงออกอย่างแตกต่างถูกระบุด้วยแพ็คเกจ DESeq2 (Galaxy เวอร์ชัน 2.11.40.6 + galaxy1) [ 12 ] โดยใช้จุดตัดการเปลี่ยนแปลงแบบพับที่ 1.5 และค่าp ที่ปรับแล้ว น้อยกว่า 0.05

ในการทดลองแยกกัน หนูที่รักษาด้วยพลาสมาของ HV หรือ COVID-19 plasma เป็นเวลา 3 วันถูกท้าทายในวันที่สี่ด้วย ip วันที่สี่ด้วย 1 × 10 7 cfu /mL E. coliหรือAcinetobacter baumannii ทำการทดลองแบบเดียวกันทั้งที่มีและไม่มีการรักษาด้วยยาอนาคินราก่อนการทดสอบแบคทีเรีย บันทึกการรอดชีวิตทุก 12 ชั่วโมงเป็นเวลา 7 วัน

สถิติ ข้อมูลหมวดหมู่แสดงเป็นความถี่และตัวแปรเชิงปริมาณเป็นค่าเฉลี่ย± SE การเปรียบเทียบระหว่างกลุ่มทำได้โดยใช้การทดสอบที่แน่นอนของ Fisher สำหรับข้อมูลหมวดหมู่ การเปรียบเทียบข้อมูลเชิงปริมาณดำเนินการโดยใช้การทดสอบ Mann-Whitney U สำหรับการเปรียบเทียบสองกลุ่มและ ANOVA ทางเดียวกับการแก้ไข Bonferroni สำหรับการเปรียบเทียบหลายกลุ่ม ความสัมพันธ์ได้ดำเนินการโดยใช้ลำดับของสเปียร์แมน ค่า pใดๆ ที่ต่ำกว่า 0.05 ถือว่ามีนัยสำคัญทางสถิติ

ผู้ป่วยโรคโควิด-19 จำนวน 40 รายติดต่อกันซึ่งไม่พัฒนา ARDS ระหว่างพักรักษาตัวในโรงพยาบาล และวิเคราะห์ผู้ป่วย ARDS 20 รายติดต่อกัน ข้อมูลประชากรแสดงในตาราง  ที่1 ตัวอย่างของ 10 HV ถูกวิเคราะห์เป็นกลุ่มควบคุมที่มีสุขภาพดี ระดับ calprotectin ในซีรัมสูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญในผู้ป่วย COVID-19 และ ARDS (รูปที่  1 a) ความเข้มข้นของ HMGB1 ไม่แตกต่างกันระหว่างผู้ป่วยที่ติดเชื้อ COVID-19 ที่มีและไม่มี ARDS (รูปที่  1 b) ระดับ calprotectin ที่เพิ่มขึ้น ARDS ที่เกี่ยวข้องกับ COVID-19 ทำให้เกิดคำถามว่า calprotectin ถูกปล่อยออกมาในกลุ่มผู้ป่วยก่อนหรือไม่และอาจทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้สำหรับผู้ป่วยที่จะเข้าสู่ ARDS